Научно-исследовательский отдел истории и этнографии (этнологии) занимается вопросами изучения истории, этнографии (этнологии) и культуры коренных народов Республики Алтай. Руководит отделом Эркин Валериевич Енчинов, кандидат исторических наук, старший научный сотрудник.
Научно-исследовательский отдел языка, фольклора и литературы проводит исследования языкового, фольклорного и литературного наследия коренных народов Республики Алтай. Руководит отделом Маргарита Сергеевна Дедина, кандидат филологических наук, старший научный сотрудник.
Отдел занимается сбором, обработкой и распространением научной информации, а также поддержкой исследовательской деятельности. Руководит отделом Алексей Викторович Бондаренко, доктор биологических наук, старший научный сотрудник.